Davne 1966. godine škola je počala sa radom pod nazivom Osnovna škola “Petar Petrović Njegoš”. Pod ovim nazivom škola je radila do početka agresije na Bosnu i Hercegovinu, te u toku rata do aprila 1996. godine. Nakon potpisivanja Dejtonskog mirovnog sporazuma i reintegracijom Općine Ilidža škola je u potpunosti opustošena i na kraju zapaljenja.

Cjelokupni inventar i dokumentacija škole su uništeni ili odneseni u Lukavicu. Odlukom nove općinske vlasti škola od maja mjeseca 1996. godine nosi naziv “Treća osnovna škola” Ilidža. Cijelu 1996/97. školsku godinu, škola je radila bez struje i vode, a učenici i osoblje su se grijali na male peći na drva. Naredne školske godine, objekat je donacijom Norveške narodne pomoći i pomoći naroda San-Marina sanirana i osposobljena za rad. U sastavu Treće osnovne škole djelovale su i dvije područne škole na Vrelu Bosne i u Osjeku.